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Nos habéis preguntado por un post de Facebook de Jon Ander Etxebarria Garate, decano del Colegio de Biólogos de Euskadi (COBE), a través del cual cuestiona el descubrimiento de una nueva variante del SARS-CoV-2 y del papel que desempeñan las pruebas PCR en este cometido. "¿Me quieren explicar cómo han podido descubrir la nueva cepa del Sars Covid 2 si todavía estamos esperando el cultivo viral de la original? ¿Es que lo han detectado con una PCR? ¿Cómo es posible que esa PCR pueda detectar una mutación cuando la técnica está basada con secuenciación del banco de genes utilizando fragmentos virales del Sars Covid 1? ¿A qué espera la ciencia para decir la verdad de una vez?", plantea Etxebarria en el post. Lo cierto es que las variantes del SARS-CoV-2 no se detectan mediante PCR, sino gracias a la secuenciación masiva.
En Maldita Ciencia ya nos preguntasteis por unas declaraciones de Etxebarria en agosto, a raíz de un documento en el que este analizaba las medidas adoptadas durante la crisis de la COVID-19. En él afirmaba que las PCR dan muchos falsos positivos, que los asintomáticos no contagian o que las mascarillas causan una ligera hipoxia. Sin embargo, esto no es cierto. De hecho, el COBE retiró el documento y emitió un comunicado en el que afirmaba que "el escrito expresaba única y exclusivamente la opinión personal del decano".
Etxebarria es jefe de control de calidad del agua en el Consorcio de Aguas Bilbao - Bizkaia, según su perfil de LinkedIn. Sus afirmaciones, compartidas por negacionistas, también han sido criticadas por múltiples biólogos que las califican de “medias verdades” o “erróneas”. Os explicamos lo que se sabe hasta el momento en relación a las preguntas que propone.
Estudio de las variantes (que no cepas) del SARS-CoV-2
Como ya explicábamos, la variante de la que habla el post (no cepa, como dice Etxebarria) tiene numerosas mutaciones. De hecho, una de las más notables se encuentra en la proteína espiga (Spike o S), aquella que permite al virus entrar en nuestras células. Ahora bien, recordamos que una variante no es lo mismo que una cepa, término que utiliza Etxebarria en su post de Facebook.
En relación a las cuestiones planteadas por Etxebarría, Sonia Zúñiga, investigadora de coronavirus en el Centro Nacional de Biotecnología, explica a Maldita Ciencia que, actualmente, "no estamos esperando al cultivo del virus del SARS-CoV-2 original”. “Ni de ese ni de montones de virus que se han aislado después en laboratorios de todo el mundo", añade.
Además, detalla la forma en la que pueden descubrirse estas diferentes variantes del virus. "De forma muy simplificada, lo que se hace es coger la muestra biológica en la que se ha detectado el virus y ponerla en contacto con células en cultivo susceptibles a la infección", explica la experta. "El virus de la muestra infecta las células, se multiplica, las mata, y se recoge del medio de cultivo".
Zúñiga aclara que las PCR que se usan para diagnóstico no usan esa zona del genoma (la del gen de la proteína de la espícula) por lo que una nueva variante no se suele detectar así. ”Lo que ocurre es que, en todo el mundo, se están secuenciando los genomas completos de virus en distintas muestras biológicas. Para ello se utilizan técnicas de secuenciación masiva. Así, se tienen millones de lecturas de secuencias que cubren todo el genoma del virus”, explica.
Una vez se dispone de ellas, se comparan con la secuencia del genoma del SARS-CoV-2 de referencia (la de Wuhan). De esta manera pueden localizarse los cambios (mutaciones) en una nueva variante. “Por supuesto, eso luego se comprueba con técnicas de secuenciación tradicionales, que no usan una colección de oligonucleótidos del SARS-CoV (el 1), sino del SARS-CoV-2”, añade Zúñiga. Es decir, nada que ver con lo que plantea Etxebarría en Facebook, que "la técnica está basada con secuenciación del banco de genes utilizando fragmentos virales del Sars Covid 1".
Diferencia entre PCR y secuenciación
Lo que comparten la PCR para el diagnóstico y la secuenciación es que, en ambos casos, se aísla el ARN de la muestra que se analiza por PCR para detectar presencia o ausencia de SARS-CoV-2. “En caso de dar positivo, luego se puede someter al proceso de secuenciación”, explica a Maldita Ciencia Pepe Alcamí, virólogo del Instituto de Salud Carlos III.
Según recuerda Alcamí, Reino Unido es el país que realiza más secuencias del SARS-CoV-2 de forma sistemática. De hecho, por el momento, dispone de unas 120.000 en la base de datos GISAID.
Por su parte, la biotecnóloga Ángela Bernardo Álvarez también ha compartido a través de su cuenta de Twitter datos del Centro Europeo para el Control y Prevención de Enfermedades. Estos indican que las secuencias realizadas por Reino Unido suponen alrededor de un 10% de casos donde se ha secuenciado el genoma completo del virus en relación al total de casos detectados. Las de España, por su parte, se sitúan en el 0,1%.
“Esto permite hacer una monitorización epidemiológica a nivel molecular de lo que está pasando con las variantes del virus desde el inicio de la epidemia”, explica el experto.
Además, indica que fue ya en noviembre cuando se detectó la variante denominada B.1.1.7. “En el seguimiento de las secuencias, se ha apreciado un incremento relativo respecto al total de virus secuenciados. De hecho, actualmente es la variante dominante. “Esto sugiere que se transmite mejor, ya que está reemplazando a la circulante”, puntúa Alcamí.
Se trata de un contexto similar a lo que sucedió en marzo, cuando se produjo una variante con una mutación en la posición 614, en la proteína espiga del virus. La posición original se llamó 614D y la nueva, 614G. “Este cambio hace que el virus 614G infecte mejor que el 614D. ¿Qué sucede? Que a lo largo del mes de abril y mayo la variante 614G reemplaza en casi todos los países a la 614D, que había llegado antes”, indicaba el virólogo en Maldita Ciencia.
Cultivo de la cepa original de SARS-CoV-2
Con respecto al cultivo de la cepa viral original del SARS-CoV-2, Alcamí afirma que “por supuesto que se dispone de las cepas originales de Wuhan y de muchas otras que se han generado posteriormente (como la G614, de la que hablábamos) y que están en docenas de laboratorios del mundo". Por otra parte, recuerda que "la variante B.1.1.7 está aislada y cultivada".
“Además, para estudiar el gen S, lo más fácil es sintetizarlo por síntesis química y analizar sus propiedades infectivas y la resistencia a la neutralización por anticuerpos y sueros”, explica Alcamí.
Como explica Alcamí, por el momento los datos epidemiológicos sugieren que la nueva variante del SARS-CoV-2 podría transmitirse mejor. “Estudios en cultivo sugieren (de momento) que esta infecta mejor células en cultivo. Eso sí, no hay datos que sugieran que sea menos susceptible a la neutralización por anticuerpos. Estos datos se confirmarán en los próximos días”, concluye el experto.
