El Ministerio de Defensa ha afirmado a Maldita.es que la torre de la base de Rota “no tuvo ninguna incidencia” el 28 de abril, que los generadores de emergencia suplieron el corte eléctrico y “funcionaron absolutamente todos los equipos”. Maldita.es no ha podido verificar independientemente estas afirmaciones. Aena ha indicado a Madita.es que no gestiona las instalaciones de Rota.
Defensa afirma también que “el tráfico aéreo fue el previsto y habitual”. Según Flightradar24, una web que permite seguir aviones en tiempo real, el día del apagón hubo ocho aterrizajes.
El primero fue a las 8:31, un avión cisterna de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos procedente del continente americano, aunque el origen no se refleja con claridad. A las 10:34 aterrizó un helicóptero militar que había despegado dos minutos antes desde la misma. Un avión de transporte militar de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos que despegó desde Malta aterrizó a las 10:51 en Rota. A las 11:52 aterrizó otro helicóptero de la propia base tras hacer un vuelo de 55 minutos. A las 12:28 un nuevo helicóptero se posó en Rota tras volar 17 minutos cerca de la base. Dado que el apagón fue a las 12:33, esto significa que hubo un aterrizaje y una aproximación durante el periodo en que se dice que la torre fue desconectada a propósito.
Los aterrizajes continuaron tras el apagón. Veinte minutos después de su inicio, a las 12:53, aterrizó un helicóptero que había despegado nueve minutos antes de la misma base militar. A las 13:22 aterrizó otro helicóptero tras 49 minutos de vuelo. Esta misma aeronave volvió a volar durante nueve minutos, aterrizando a las 13:35.
