Maldita Ciencia
01/09/2020

Por qué no significa que dé falsos positivos que un cebador de la PCR que detecta el coronavirus coincida con una parte del genoma humano

Nos habéis consultado mucho por una afirmación de María José Martínez Albarracín. La integrante de la plataforma negacionista de la COVID-19 "Médicos por la verdad", afirma que "la secuencia de uno de los cebadores de ADN de las pruebas genéticas del coronavirus (RT-PCR y TMA) se encuentra en el cromosoma 8 del genoma humano, así que le puede dar positivo a cualquiera". Os explicamos por qué es falso.

Aunque es cierto que una secuencia de nucleótidos forma parte tanto de un cebador —sección corta de ADN diseñadas para unirse al virus— como del cromosoma número 8 del ser humano, esto no significa que la PCR vaya a dar falsos positivos al detectar esta secuencia en nuestro genoma. No es posible que esto ocurra por varios motivos pero primero necesitamos explicar cómo funciona la PCR.

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Cómo funciona una PCR paso a paso

El ADN constituye nuestro material genético, pero el coronavirus SARS-CoV-2 que provoca la COVID-19 no contiene ADN de doble cadena, sino ARN, de una sola cadena. Como las pruebas de PCR solo pueden hacer copias de ADN, primero hay que convertir el ARN en ADN, como explicaba este artículo de la Agencia Sinc que hemos publicado en Maldita Ciencia.

Lluis Montoliu, investigador del Centro Nacional de Biotecnología, explica en el siguiente vídeo cómo funciona la PCR que detecta el coronavirus.

El ARN del virus que se extrae de la muestra se purifica y se mezcla con una enzima llamada transcriptasa inversa, que convierte el ARN de una sola cadena en ADN de doble cadena. El ADN vírico se añade a un tubo de ensayo junto con cebadoresnucleótidos —los bloques de construcción que componen el ADN— y una enzima constructora del ADN.

La máquina PCR calienta la mezcla. Esto hace que el ADN de doble cadena se desenrede y el cebador pueda unirse al ADN a medida que se enfría, proporcionando un punto de partida para que la enzima constructora de ADN lo copie. Este proceso continúa a través de repetidos calentamientos y enfriamientos hasta que se han creado millones de copias del ADN.

La fluorescencia aumenta a medida que se producen más copias gracias a una sonda fluorescente y, si cruza un cierto umbral, la prueba es positiva. Si el virus no estaba presente en la muestra, la prueba PCR no habrá hecho copias, por lo que el umbral de fluorescencia no se alcanzará y, en ese caso, la prueba será negativa.

El ADN humano se elimina antes de hacer la PCR

Antes de hacer la PCR, de la muestra tomada se extrae sólo ARN tras degradar el ADN que provenga de nuestras células y de bacterias, según cuenta a Maldita.es Benedetta Bolognesi, del Instituto de Bioingeniería IBEC de Barcelona. Una vez eliminado el ADN, la molécula de ARN del virus se convierte en ADN mediante otra enzima: la transcriptasa. De esta forma, la PCR se inicia sólo con ADN procedente de ARN y no con ADN procedente del genoma humano como se afirma en la imagen que se está viralizando. Este paso lo explicamos en profundidad en este artículo.

Hacen faltan dos cebadores y una sonda fluorescente que coincidan para amplificar el material

"Para la amplificación por PCR es necesario un segundo cebador para producir la multiplicación del fragmento que se encuentra entre ambos cebadores. En el caso del coronavirus, este segundo cebador que se engancharía produce la amplificación de un fragmento de 108 pares de bases de nucleótidos", explica a Maldita.es Francisco Díez, bioinformático del Grupo de Análisis Científico de Coronavirus del Instituto de Salud Carlos III. Es decir, para amplificar un pedazo del cromosoma humano tendría que haber dos cebadores, uno por cada hebra de ADN.

"Sin embargo, si probamos ese otro cebador en el genoma humano no se amplificaría nada ya que no 'engancha' en ningún punto cercano del cromosoma 8 humano", añade Díez. "Además para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 se utiliza una PCR en tiempo real o qPCR que utiliza una sonda fluorogénica que también debe ser complementaria a una zona del fragmento amplificado" y esa secuencia no está presente en el cromosoma 8 del genoma humano, aclara el bioinformático. "Si el virus no está presente no se amplificaría ningún fragmento y además no se añadiría la sonda específica que es la que acaba generando la señal que determina un diagnóstico positivo", concluye Díez.

"Todos los métodos de RT-PCR (el tipo de PCR usada para detectar el coronavirus SARS-CoV-2) usan dos cebadores y una sonda fluorescente. Tienen que coincidir exactamente las secuencias de las tres, pero muy especialmente la de la sonda fluorescente que detecta el fragmento que se amplifica entre las dos secuencias. Como la sonda no coincide, pues entonces, sin virus, no habría señal de amplificación por RT-PCR", incide José Manuel Bautista, profesor del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Facultad de Veterinaria de la Universidad Complutense de Madrid y encargado del laboratorio de esta universidad avalado por el Instituto de Salud Carlos III que analizó muestras con COVID-19.

Primera fecha de publicación del artículo: 25/08/2020.

Os estamos contando todos los bulos por los que nos estáis preguntando respecto a la COVID-19 en este recopilatorio. Además, tenemos un especial sobre este tema donde también puedes consultar consejos de prevención y preguntas y respuestas sobre el brote del nuevo coronavirus.

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